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一、三倍体无籽西瓜本身就可产生少量的正常种子
三倍体无籽西瓜主要是雄配子高度不育(99.9%的雄配子不育)造成的，但还有1%的雄配子是可育的，所以还有1/1024的机会可以形成正常的种子，但为数不多，一般每个瓜有1-3粒。
二、“返祖现象”
三倍体无籽西瓜在田间还会产生外观性状同无籽西瓜母本相似的二倍体有籽西瓜，没经验的瓜农是看不出来的，这种现象叫“返祖”，主要是由于多倍体西瓜在种子形成过程中，细胞染色体分裂不正常引起的。有经验的瓜农可在无籽西瓜育苗期根据其不同的性状进行剔除或在收瓜前将其区分开。
三、种子纯度不离有母本或其他二倍体西瓜种子混入，可在播种时挑出剔除。
