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西瓜苗期病害主要指猝倒病、立枯病、僵苗、徒长苗等，这几种病害对培育西瓜壮苗及至产量的提高有着重要的影响，一般减产10%～20%，重者达50%。
西瓜猝倒病
发病症状
猝倒病侵染西瓜幼苗以后，初在幼茎接近地面处出现水渍状病斑，接着病部迅速绕茎1周，渐变为黄褐色，使幼茎干枯收缩呈线状，不能直立而猝倒;立枯病侵染幼苗以后，茎基部先出现椭圆形暗褐色斑，植株地上部分白天萎蔫，夜间恢复正常，随着病情的发展，病斑绕茎1周，整个茎基部干枯收缩，幼苗稍大时，茎基木质化，虽然感病但幼苗直立不倒，俗称“立枯”。
西瓜立枯病突出的特点是：小苗病部长出白霉，稍大幼苗白霉虽消失，但在病部出现蜘蛛网状淡褐色霉层，猝倒病这种现象不明显。
发病条件：西瓜猝倒病和立枯病都是由真菌引起的病害，病菌的腐生性很强，一般能在土壤中存活2～3年或更长时间，并能借助气流、雨水、农事操作等进行传播蔓延。当土壤温度达到15℃左右，光照不足，湿度偏大时，均能使这种病害的大流行。
西瓜僵苗
幼苗生长量少，展叶慢，新生叶叶色灰绿，叶片增厚，皱缩，组织僵硬;子叶和真叶变黄，地下部根发黄，甚至褐变，新生白根少。僵苗有别于由叶面肥和农药使用不当所产生的生长点停滞生长，叶形变小，叶缘反卷，叶片变厚、皱缩扭曲的症状。
西瓜苗一旦发生僵苗，恢复得很慢，会耽搁有利的生长季节，严重影响产量和效益。僵苗是西瓜苗期主要的生理障碍。
西瓜僵苗发生起因：
①苗床气温低，特别是泥土温度低，不能满足西瓜根系的基本温度恳求。
②育苗床土质粘重，泥土含水量高，在湿度大、通风不良的根区条件下发根艰巨，根的吸收能力差，定植后延续阴雨，僵苗发生尤其严重。
③营养土配制不当。苗床或种植穴施用未经腐熟或未充分掺匀的有机肥而引起烧根或施用化肥过多，或化肥施于根部较近，泥土溶液浓度较高而伤根。
④幼苗素质差。定植时苗龄过长，定植进程中根系损害过多，或整地、定植时操作粗糙，根部架空、根与泥土没有紧密接触，影响发根。
⑤地下害虫为害根部后根系严重受伤或死亡。
西瓜僵苗防治办法：
①选择蓬松、通气性良好的田园土或水稻田土作营养土，尽量不用土质粘重的河泥。
②改良育苗环境，采取地热线或地膜覆盖育苗，提高地温，培养生长正常，根系发育好，苗龄适中，(自根苗30—35天，嫁接苗40—45天)。
③苗床施用腐熟的有机肥，远离根部轻施复合肥，或喷施叶面肥，避免伤根。
④适时适量浇水，免得下降苗床温度和地温，不利根系生长。
⑤定植时采取高畦深沟，加强排水，恰当增施穴肥(腐熟有机肥和化肥)，增进根系生长。⑥移栽前留意炼苗。
⑦适时定植，避免定植后遭受低温的影响，选择冷尾暖头晴天定植。⑧避免蚂蚁和其它地下害虫。
西瓜徒长苗
西瓜苗生长过于茂盛，涌现徒长，表现为节间伸长，叶柄和叶身变长，叶色淡绿，叶质较薄，组织柔嫩。
发生起因：西瓜苗床光照不足，温渡过高，泥土和空气湿度高，嫁接西瓜育苗进程中，砧木、接穗在温、光、气节制不当时，易涌现徒长苗。徒长苗对低温适应性差，容易发生冻害。
防治办法：合理调节光、温、湿。苗床温度采取分段管理，适时通风、降湿，增长光照，避免温渡过高。下降夜温，加大日夜温差。在光照不足的条件下，恰当下降温度和湿度。
